Tratemos en primer lugar de identificar quien era Juan Marcos. La primera vez que aparece en el Nuevo Testamento es en Hechos 12:12 donde dice: Y habiendo considerado esto, llegó a casa de María la madre de Juan, el que tenía por sobrenombre Marcos, donde muchos estaban reunidos orando.

Pedro acababa de ser librado de una manera milagrosa de su prisión, en la cual estaba esperando el momento para ser ejecutado. Esto sucedió en Jerusalén. Al estar libre, Pedro se dirigió a la casa de una mujer creyente que se llamaba María, no se debe confundir a esta María con María la madre de Jesús o con otras mujeres que se llamaban María y que aparecen en el Nuevo Testamento. El nombre María era muy popular en el mundo judío de esa época, así como es popular en nuestra época. Había muchas mujeres llamadas María. Sucede que esta mujer tenía un hijo que se llamaba Juan, quien tenía por sobrenombre Marcos. Allí en la casa de María, la madre de Juan Marcos, estaban muchos discípulos del Señor Jesucristo orando por la liberación de Pedro. La llegada de Pedro fue la respuesta de oración de estos discípulos. Tenemos entonces que Juan Marcos debe haber sido natural de Jerusalén, hijo de una mujer llamada María residente en esa misma ciudad. Ahora veamos qué es lo tenemos en cuanto a otro personaje que también se llamaba Juan. La primera vez que se menciona su nombre es en Mateo 4:21 donde dice: Pasando de allí, vio a otros dos hermanos, Jacobo hijo de Zebedeo, y Juan su hermano, en la barca con Zebedeo su padre, que remendaban sus redes; y los llamó.

Este episodio de la vida del Señor Jesús ocurrió a las riberas del mar de Galilea, una región bastante al norte de Jerusalén. Allí en esa región habitaba un pescador que se llamaba Zebedeo y que tenía a dos de sus hijos como ayudantes. Sus hijos se llamaban Jacobo y Juan. Cuando los vio el Señor Jesús, los dos, estaban ocupados en su oficio, dedicados a remendar las redes para pescar. El Señor Jesús simplemente los llamó. Al instante, Jacobo y Juan dejaron la barca, las redes y a su padre y siguieron al Señor Jesús. Más tarde, los dos fueron constituidos apóstoles por el Señor Jesús. Marcos 3:13-19 dice: Después subió al monte, y llamó a sí a los que él quiso; y vinieron a él.
Mar 3:14 Y estableció a doce, para que estuviesen con él, y para enviarlos a predicar, y que tuviesen autoridad para sanar enfermedades y para echar fuera demonios: a Simón, a quien puso por sobrenombre Pedro; a Jacobo hijo de Zebedeo, y a Juan hermano de Jacobo, a quienes apellidó Boanerges, esto es, Hijos del trueno; a Andrés, Felipe, Bartolomé, Mateo, Tomás, Jacobo hijo de Alfeo, Tadeo, Simón el cananista, y Judas Iscariote, el que le entregó. Y vinieron a casa.

Este Juan entonces es el apóstol, natural de Galilea, no de Jerusalén como Juan Marcos. De modo que por este motivo Juan Marcos no puede ser el apóstol Juan. Además existe una gran diferencia entre el tiempo que aparece Juan el apóstol y el tiempo que aparece Juan Marcos, confirmando que no son los mismos personajes. El apóstol Juan hace su aparición a inicios del ministerio público del Señor Jesús, mientras que Juan Marcos hace su aparición mucho tiempo después del final del ministerio público del Señor Jesús. Incidentalmente Juan Marcos es el autor del Evangelio según Marcos.