¿En qué momento Dios le instruyó u ordenó hacer tal cosa? ¿De dónde tomó como referencia Juan el Bautista para hacerlo? Sé que el Señor Jesús instituyó el bautismo cristiano, pero eso fue posterior a lo que hacía Juan el Bautista.

Gracias por su pregunta. Efectivamente, el bautismo en agua que instituyó el Señor Jesús, conocido como el bautismo cristiano. Es posterior y también totalmente diferente del bautismo que practicaba Juan el Bautista. Lo que simbolizaba el bautismo de Juan el Bautista, muy probablemente tuvo sus raíces en los rituales de purificación o en los lavamientos que se practicaban en el Antiguo Testamento. Note lo que dice Levítico 15:13 Cuando se hubiere limpiado de su flujo el que tiene flujo,  contará siete días desde su purificación,  y lavará sus vestidos,  y lavará su cuerpo en aguas corrientes,  y será limpio.

Una práctica similar aparece en Levítico 15:27 donde dice: Cualquiera que tocare esas cosas será inmundo; y lavará sus vestidos, y a sí mismo se lavará con agua, y será inmundo hasta la noche.

También se debe reconocer que mucho antes del tiempo de Juan el Bautista ya se practicaba un tipo de bautismo a los gentiles. Cuando los gentiles por voluntad propia adoptaban el judaísmo como su religión, o dicho en otras palabras cuando los gentiles se convertían al judaísmo y se volvían judíos prosélitos. Por eso es que el bautismo estaba muy relacionado con el arrepentimiento.

Cuando un gentil se convertía en un prosélito se lo bautizaba en agua dando a entender mediante esa acción que estaba arrepentido de su antigua creencia religiosa. Pasaba a creer en lo que los judíos creían. Los judíos que fueron bautizados por Juan el Bautista. Estaban entonces simbólicamente admitiendo que en un sentido espiritual habían llegado a ser como los gentiles. Y por tanto estaban dispuestos a llegar a ser con absoluta sinceridad parte del genuino pueblo de Dios.

Admitir que espiritualmente un judío había llegado a ser como un gentil no era algo ligero para un judío dado el odio racial que los judíos sentían hacia los gentiles.

Las personas que eran bautizadas por Juan el Bautista, estaban arrepintiéndose en previsión a la inminente manifestación del Cristo o del Mesías en la persona del Señor Jesús. Y al establecimiento de un reino esplendoroso en el cual el Cristo o el Mesías es el Rey. ¿En qué momento Dios instruyó u ordenó a Juan el Bautista efectuar este bautismo? La Biblia no lo registra. Era una práctica natural cuando alguien se identificaba con una doctrina o un mensaje.

En el caso de Juan el Bautista era el llamado al arrepentimiento del pecado por cuanto el reino de los cielos se había acercado. Este es un bautismo diferente del bautismo cristiano. El bautismo cristiano es el simbolismo de la identificación del creyente con Cristo en su muerte, sepultura y resurrección. Colosenses 2:12 dice: sepultados con él en el bautismo,  en el cual fuisteis también resucitados con él,  mediante la fe en el poder de Dios que le levantó de los muertos.